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감리대상사업의 감리실시가 확정되면 감리기관은 감리대상사업에 대하여 감리 일정, 업무분장 및 행정사항을 수행할 주관 감리인(혹은 전담 감리인)을 배정한 후 감리계약을 체결하여야 한다. 감리계약은 계약 당사간의 충돌을 피하고, 책임 범위를 명확히 하며, 전체 감리계획을 수립하는데 필요하다. 감리계약은 문서화되며, 감리계약의 과정은 다음과 같다.

 

사전협의
감리계약을 위해서는 사전 협의가 필요하다. 이때 감리기관은 감리비를 산정하고, 감리일정, 장소, 감리대상기관(피감리기관 혹은 피감리인)의 협조사항 및 기타 감리계약에 필요한 기본적인 사항등 감리계약서에 포함될 내용을 협의한다.

종합감리계획서 통보
사전 협의에 의해 감리기관은 사업의 특성 및 규모를 기준으로 감리대상사업에 대한 전체 감리일정, 범위 등을 포함하는 종합감리계획서를 작성하여 감리의뢰기관에 통보한다. 종합감리계획서는 사업의 규모에 따라 선택적으로 작성한다. 일반적으로 종합감리계획서의 내용은 다음과 같다. (부록 3 : 종합감리계획서 작성법 참조)
감리의 목적
감리대상 및 감리영역
감리시기 및 일정
감리절차 및 조직
감리행정사항
중점검토항목
기타 감리대상사업의 특성을 고려한 필요사항
감리의 목적과 기준은 정보시스템 감리기준에 의거 사업특성을 고려하여 명확히 제시하여야 한다. 감리의 목적이 명확하지 않을 경우 기획, 개발, 운영, 유지보수, 일반관리 감리의 혼동이 존재할 수 있다. 감리대상과 영역은 감리의뢰기관과 협의를 통하여 명확히 제시하여야 한다. 
감리시기 및 일정은 감리대상사업의 특성을 고려하여 상호 협의하에 결정한다. 감리일정은 정기감리와 상시감리로 구분된다. 
정기감리는 감리대상사업의 개발단계 혹은 운영일정 등을 고려하여 소프트웨어 생명주기를 기준으로 감리를 수행하는 것을 말하며, 상시감리는 정기감리외에 감리기관 혹은 감리의뢰기관이 필요하다고 인정하는 경우 실시하는 감리를 말한다. 
상시감리시 감리기관은 감리보고서가 아닌 검토공문으로 처리할 수 있다. 다음은 감리의 실시체계의 구분과 개발감리의 정기감리 시기, 일정을 예로 든것이다.
정기감리 : 감리대상사업의 개발 혹은 운영 등 소프트웨어 생명주기를 중심으로 감리계약 또는 감리계획에 의거 일정기간을 정하여 감리하는 체계를 말한다.
상시감리 : 감리대상사업의 개발 혹은 운영 등의 일정에 관계없이 필요시에 감리하는 체계를 말한다. 상시감리는 감리기관과 감리의뢰기관 및 피감리기관의 협의에 의하여 시행한다.
감리절차와 조직은 단계별 개별감리시 투입될 인력을 산출하여 중점검토분야를 중심으로 제시하는 것이다. 감리행정사항에는 감리 장소, 감리의뢰기관 및 피감리기관의 협조사항과 감리보고서 제출일 등을 기재한다. 

다음으로 감리 중점검토항목은 감리의뢰기관이 제출한 자료를 근거로 감리기관이 감리수행시 중점적으로 검토할 분야를 도출하여 작성한다.

감리계약
감리계약은 감리기관과 감리의뢰기관 사이의 법적인 충돌을 방지하는데 그 목적이 있으며, 사전협의와 종합감리계획서에서 합의된 사항을 문서화하는 과정이다. 상호 합의된 계약서는 감리기관과 감리의뢰기관이 각각 1통씩 보관한다. 일반적인 감리계약서의 내용에는 다음사항이 포함된다.
감리 대상 사업명
감리계약의 목적
감리영역 및 중점검토항목
감리시행 횟수, 감리시행 기간 및 투입인력
감리계약 기간
감리인의 책임 및 의무에 관한 사항
감리의뢰인 및 피감리인의 권리와 의무에 관한 사항
감리비 지급에 관한 사항
기타 감리수행에 필요한 사항
감리계약서가 작성되고 상호 합의가 되면 감리기관과 감리의뢰기관은 상호 계약 체결을 하며, 특히 감리인이 피감리기관에게 감리대상사업의 감리수행을 위하여 필요한 자료제출의 의무와 감리의뢰기관의 감리장소 제공에 관하여 명시한다.

감리계약 관리
감리계약을 체결하고 감리를 수행하는 도중에 예상치 못한 상황이 발생될 수 있다. 감리 대상사업이 특정 사유로 사업수행이 불가능한 경우, 혹은 사업수행기관이 파산하여 사업이 불가능한 경우 등 감리수행 계약내용을 불가피하게 변경하는 경우 변경된 내용을 계약서에 추가 또는 삭제하여 계약서를 다시 작성하거나 계약을 철회하게 되는 경우가 발생할 수 있다. 이 경우 감리실시 여부의 결정에서부터 다시 검토하여야 할 것이다.


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